Janvier 2118. Alors qu'elle assiste à une réunion en tant qu'inspectrice en chef du Bureau de la Sécurité Publique, Akane Tsunemori reçoit un rapport faisant état d'un incident survenu sur un navire étranger. Derrière ce fait se cachent les "Peace Breakers", un groupe qui s'attaque aux recherches du Dr Stronskaya, connues sous le nom de "Document Stronskaya". Réunie à nouveau avec Shin’ya Kôgami, un ancien membre du Bureau, Akane est confrontée à une affaire d'une ampleur inattendue. Si la vérité éclate au grand jour, elle risque d'ébranler le gouvernement japonais et le Système Sibyl.