1. Cacería
Michael y su grupo fuerzan a Bellick a dejar el mando al FBI; Mahone descubre los planes de Michael; T-Bah quiere que le devuelvan la mano.
Prison Break
Temporada 2
La segunda temporada consta de 22 episodios y es continuación directa del final de la primera temporada. Comienza ocho horas después de la fuga de prisión y se centra principalmente en la supervivencia de los fugitivos. Un nuevo personaje importante se introduce esta temporada: el agente del FBI, Alexander Mahone, a quien se le asigna el trabajo de capturar a los ocho de Fox River. Los fugitivos recorren todo el país para no ser encontrados por la policía. Cada uno tiene sus metas individuales, sin embargo, varios coinciden en Utah, donde hay 5 millones de dólares enterrados (Dinero que Charles Westmoreland o "D.B. Cooper", enterró antes de ser capturado). El argumento secundario de esta temporada es el interés de La Compañía por localizar y eliminar a Lincoln Burrows y a los demás fugitivos.
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2. Otis
Mahone usa a LJ para atrapar a Lincoln y Michael; T-Bah consigue su mano; una corte pone a los hermanos frente a su perseguidor.
3. Scan
Mahone tiene un valioso activo de Michael. El gobernador hace una declaración escandalosa sobre Sara. Sucre y C-Note quieren reunirse con su familia.
4. Primer caído
Bellick captura a Michael y a su equipo. La necesidad de venganza de Abruzzi le obliga a pagar un precio definitivo.
5. Mapa 1213
Los hermanos llegan a Utah; Sucre se queda esperando en el altar; C-Note se lanza por su vida; el rancho Doble K no revelará sus secretos.
6. Subdivisión
Con millones enterrados, Michael debe encontrar una manera de entrar. Mahone se acerca a su presa. Atrapan a uno de los fugitivos.
7. Enterrado
Los fugitivos halla el tesoro escondido. La Compañia investiga a Sara y a su padre. Mahone pone a Tweener la prueba definitiva.
8. Atrapado
La única posibilidad de Michael y Sucre de escapar es por el río. Lincoln se reúne con LJ mientras Sara y Kellerman tratan de reconstruir las pistas.
9. Desenterrado
Michael visita a la exesposa de Mahone. Bellick embosca a T-Bag y le pregunta por el dinero. Lincoln y LJ parecen llegar al final.
10. Rendezvous
Michael y Sara se reúnen en Mexico pero Mahone los alcanza. Lincoln se encuentra con su padre. Bellick consigue que T-Bah renuncie a su secreto.
11. Bolshoi Booze
Lincoln deja a LJ para llegar a Michael. El plan para obtener un plano del escape falla. T-Bag escapa de la policía y Kellerman tortura a Sara.
12. Desconexión
Sara se libera de su verdugo. Michael y Lincoln deciden dejar de correr y enfrentar a sus perseguidores.
13. La caja de la muerte
T-Bag busca a Susan. Bellick es encontrado culpable y es encarcelado en Fox River, mientras que Michael y Lincoln son atrapados por la policía de la frontera. Sucre salta desde el avión para evitar ser atrapado. Kellerman idea un nuevo plan.
14. El desconocido
Kellerman enfrenta a Michael y a Lincoln con Steadman. Bellick es maltratado en la cárcel y T-Bag aterroriza a los Hollander.
15. El mensaje
Michael y Lincoln revelan su historia en televisión. Michael entrega su mensaje cifrado a Sara.
16. Chicago
C-Note elige entre su hija y la vida de una camarera; Kellerman resuelve el enigma de Sara; Mahone hace a Bellick y Haywire una oferta irrefutable.
17. Mala sangre
Michael y Sara van a Henry Pope a recuperar información; un fugitivo elige entre su hija y amigos; T-Bag trae a casa a la familia Hollander.
18. Lavar
Michael, Lincoln y Sara oyen la prueba que dejaría libre a Lincoln, necesitan un aliado; T-Bag va al psiquiatra; C-Note hace el sacrificio final.
19. Dulce Caroline
Michael enfrenta a la presidente. Se crea una extraña alianza entre Bellick y Sucre. C-Note recibe una nueva oferta para salvar a su familia y a sí mismo.
20. Panamá
Los hermanos se preparan para escapar a Panamá, Sara les garantiza su seguridad. T-Bag deja un rastro de muerte. C-Note testifica contra Mahone y es liberado.
21. Fin del camino
Sara va a juicio, Michael consigue cinco millones y pone fin al reinado de T-Bag. Kellerman enfrenta sus demonios.
22. Sona
Un testigo del juicio de Sara cambia todo. Sucre se arriesga para hallar a Maricruz. T-Bah elige el lado erróneo.