Minato despertó en el hospital, donde Yukari lo vigiló durante una semana. A su regreso al internado, les espera una sorpresa: Junpei, un compañero de clase hablador, se une a su dormitorio, ya que también parece que tiene habilidades de refuerzo de estos dos nuevos miembros. Gracias al refuerzo de estos dos nuevos miembros, el SEES puede partir ahora en busca de respuestas en el nido de los Shadows, el Tartarus, un enorme laberinto que sólo existe durante la 25a hora.