Tras la explosión que destruyó la ciudad, Neo-Tokio da paso a su nueva cara formada por ruinas. Ahora dos fuerzas compiten por territorio: el Gran Imperio de Tokio, encabezado por Akira, y la organización religiosa liderada por Dame Miyako. El gobierno envió soldados para liquidar al niño prodigio. Tetsuo, finalmente, se acostumbra gradualmente a las cápsulas que liberan su fuerza, hasta que Lady Miyako le enseña que el verdadero poder está en otra parte...