¿Cuáles son las relaciones que deben existir entre el Estado y la Iglesia, o más bien entre el Estado y las Iglesias? Para responder a esta pregunta, la Carta sobre la Tolerancia emprende el camino de una doble reflexión sobre la naturaleza de la creencia y del poder. La creencia no depende de la voluntad, mientras que el poder, que es esencialmente coercitivo, sólo puede influir en la conducta de los hombres en acciones en las que tienen la posibilidad de modificar su conducta mediante una decisión voluntaria; sin embargo, dado que la creencia no entra en esta categoría, no es uno de los posibles objetos de la autoridad política. En el centro del razonamiento que conduce a la idea de tolerancia se encuentra, por tanto, una tesis muy simple: nuestros pensamientos no están en nuestro poder. Combinado con la convicción de que, en cuestiones religiosas, sólo la sinceridad salva, constituye el fundamento de la concepción lockeana de la tolerancia.