En los Principia philosophiae, publicados por primera vez en latín en 1644, Descartes expone de forma sintética lo que los análisis de las Meditaciones y del Discurso habían sacado a la luz, es decir, la articulación entre los principios generales del conocimiento humano, los principios de las ciencias y sus descubrimientos sobre la estructura del mundo físico. Es en la Carta-prefacio a su traductor francés, el Abbé Picot, donde aparece también la famosa concepción de la filosofía como arborescencia, a partir de raíces metafísicas, en un tronco de la física y luego en tres grandes ramas que constituyen la medicina, la mecánica y la moral. Extendiendo la metáfora, Descartes apunta al último grado de sabiduría como el fruto último de este crecimiento orgánico del conocimiento: Ahora bien, como no es de las raíces ni del tronco de los árboles de donde recogemos los frutos, sino sólo de los extremos de sus ramas, así la principal utilidad de la filosofía depende de aquellas de sus partes que sólo podemos aprender las últimas .