Los mutantes son seres humanos con alguna variación genética que les dota de características especiales. También son la más moderna minoría perseguida del mundo. En medio de un clima de rabia y persecución, el profesor Xavier ha creado un instituto, un refugio, para estos seres poderosos. En este lugar los iniciados son preparados para aceptar y dominar sus habilidades, y ponerlas al servicio de la tolerancia y el combate contra la creciente histeria colectiva que está amenazando con su existencia. Pero la reputación de los mutantes será todavía peor cuando uno de ellos lanza un devastador ataque, lo que causa una pública recriminación hacia todos ellos y nuevos poderes para la Mutant Registration Act y William Stryker, un líder militar que pretende acabar con todos ellos centrándose en la escuela de X-Men.