Impulsado por las sombras de su pasado, James Sunderland regresa a Silent Hill para encontrar a su amor perdido, Mary Crane. Pero el pequeño pueblo oscuro y deprimente ya no es el lugar de sus recuerdos. James se encuentra con personajes que le parecen demasiado familiares y que intentan distraerlo de su búsqueda de Mary. Cuanto más busca a Mary, más comienza a preguntarse si esto sigue siendo la realidad, o si ha caído en el oscuro inframundo de Jacob Crane.