En un mundo donde la organización Cobra todavía no existe, un hombre ambicioso abandona la misteriosa civilización de Cobra-La en busca del Energon, una sustancia extraterrestre con propiedades extraordinarias. Convencido de que esta energía podría otorgarle un poder ilimitado, quien se convertirá en Cobra Commander comienza a reunir los recursos y aliados necesarios para alcanzar sus ambiciones. Su viaje lo enfrenta a los Dreadnoks y lo lleva a descubrir las consecuencias de la llegada de los Transformers a la Tierra. Entre manipulaciones, experimentos peligrosos y enfrentamientos brutales, establece progresivamente las bases de una organización destinada a imponer su dominio sobre el mundo