1. Prologue du commencement et de la fin
En una conferencia sobre el viaje en el tiempo, el científico Okabe conoció a una mujer misteriosa que afirma haber hablado con ella 15 minutos antes.
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En una conferencia sobre el viaje en el tiempo, el científico Okabe conoció a una mujer misteriosa que afirma haber hablado con ella 15 minutos antes.
Okabe recibe la visita de una viajera temporal y realiza con éxito el envío de un plátano en el pasado utilizando su increíble microondas.
Después de darse cuenta de que su microondas permitía enviar mensajes de texto en el pasado, Okabe descubrió un inquietante secreto al hackear la red del SERN.
John Titor le dice a Okabe que no es capaz de decodificar completamente los archivos de SERN sin la ayuda de un potente ordenador difícil de encontrar.
Okabe aprende más sobre las terribles experiencias de la SERN. Suzuha advierte al científico contra Kurisu.
Okabe intenta enviar mensajes, ahora llamados D-mails, en el pasado, mientras Moeka descubre la verdadera naturaleza de su trabajo.
Cuando Okabe consigue cambiar el curso del tiempo con un D-mail, Titor está convencido de que el científico puede salvar el planeta de su destino.
Okabe continúa sus experimentos con los D-mails, provocando cambios que sólo él puede recordar, mientras intenta hacer renacer a Ruka.
Una alteración del tiempo causa la desaparición del IBN 5100, mientras que otra modifica las características físicas de la ciudad.
Okabe recibe un mensaje de amenazas, pero no puede encontrar a su padre, pero Suzuha vuelve a casa sin despedirse.
Cuando Okabe descubre que un televisor puede enviar D-mails, Kurisu está convencida de que el objeto también le permitirá hacer viajar las emociones.
Kurisu termina su máquina de remontar el tiempo, capaz de hacer viajar las emociones. Suzuha teme ser destinada a convertirse en una espía por cuenta del SERN.
Mientras utiliza la máquina de rastreo para evitar el asesinato de Mayuri, Okabe se da cuenta rápidamente de que su misión es más complicada de lo que parece.
Mientras Okabe se enfada por su fracaso, Kurisu duda que algún día pueda salvar la vida de Mayuri. Suzuha hace una revelación sorprendente.
Suzuha revela las terribles consecuencias de los proyectos de la SERN. Okabe y los demás miembros del equipo están tratando de encontrar al padre de Suzuha.
Okabe se encuentra con el padre de Suzuha, pero el destino se mete en esto, y decide usar la máquina del tiempo para cambiar la situación.
Al descubrir que Mayuri está siempre destinado a morir, Okabe intenta cancelar los efectos devastadores de los D-mails, ayudado por Kurisu.
Okabe le dice a Ruka que era un niño y que sólo la cancelación de los D-mails que la convirtió en una chica podría salvar la vida de Mayuri.
Cuando descubre que Moeka ha terminado su vida, Okabe intenta cambiar el curso de las cosas con los D-mails, dejando a Moeka un sabor amargo.
Okabe consigue localizar el IBN 5100 y descubre la identidad de "FB," pero pronto se da cuenta de que al recuperar el ordenador, perderá Kurisu.
Esperando salvar la vida de Kurisu, Okabu decide no hackear el IBN 5100. Pero en la versión beta del mundo, tendrá que elegir entre Kurisu y Mayuri.
Kurisu intenta convencer a Okabe de que la deje morir y salve la vida de Mayuri mientras destruye su microondas, Okabe recibe un mensaje alarmante de Suzuha.
Okabe vuelve al pasado con Suzuha justo antes de la muerte de Kurisu para asistir a la carrera armamentista que anuncia la Tercera Guerra Mundial.
Okabe da su consentimiento a un sacrificio para intentar restablecer el orden normal de las cosas y salvar la vida de sus compañeros.