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Dix ans après la mort de ses parents, Minato Arisato retourne dans la ville de son enfance, où il intègre le lycée Gekkoukan. À son arrivée, il est témoin d'étranges phénomènes… Il va s'apercevoir que les occupants du dortoir auquel on l'a assigné n'ont rien d'ordinaire ! Et quand sonne la 25ème heure, l'heure des ombres, des créatures effrayantes rôdent… Mais seuls quelques élus en ont conscience.
Minato se réveille à l'hôpital, où Yukari l'a veillé pendant une semaine. À leur retour à l'internat, une surprise les attend : Junpei, un camarade de classe bavard, rejoint leur dortoir car il semble lui aussi avoir des « aptitudes ». Grâce au renfort de ces deux nouveaux membres, le SEES peut désormais partir en quête de réponses dans le nid des Shadows, le Tartarus, un immense labyrinthe qui n'existe que durant la 25ème heure.
Au moment où Sanada découvre qu'une certaine Fuka Yamagishi serait elle aussi sensible à l'heure des ombres, des événements inexpliqués surviennent au lycée. Le bruit court qu'à la nuit tombée, un fantôme dévorerait les âmes des élèves errant dans les couloirs… Le SEES va devoir enquêter sur ce mystère ! Où est donc passée Yamagishi ? Et qu'est-il réellement arrivé à ses camarades de classe retrouvées sans connaissance ?
Bien décidée à en apprendre plus sur l'origine des Shadows et du Tartarus, Yukari questionne Kirijo au sujet de l'explosion qui a eu lieu dix ans auparavant à l'endroit où se dresse désormais le lycée Gekkoukan. Elle espère aussi découvrir les circonstances du décès de son père, victime de l'accident. Au fil de l'intrigue, nos héros vont de révélation en révélation, et les deux jeunes femmes se retrouvent alors confrontées aux ombres du passé.
Peu de temps après son transfert dans une nouvelle école, le jeune Minato est attaqué par des entités démoniaques appelées Shadows. Une poignée de camarades l'aideront à éradiquer ces monstres qui n'apparaissent que pendant la 25e heure de la journée, en invoquant leur Persona, une entité possédant de grands pouvoirs magiques.
Le mystérieux petit garçon qui se dit l'ami d'Arisato vient à nouveau lui tenir des propos sibyllins. Qu'essaye-t-il de lui dire ? De son côté, Fuka assiste au départ d'une camarade chère à son cœur qui l'aide à croire en elle-même et à développer sa force intérieure. Quant à Junpei, il continue de rendre visite régulièrement à Chidori dans sa chambre d'hôpital. Alors que la nature de leur relation change petit à petit, tout bascule lors d'un affrontement avec les Strega.
Qui suis-je ? Dans quel but je dois me battre ? Qu'est-ce qui se cache derrière Minato Arisato ? Ces questions taraudent l'esprit d'Aigis alors que cette arme anti-Shadows revient sur sa condition de fille-machine. Elle se remémore son passé : quelle était cette chose qui lui était si précieuse ? Elle trouvera les réponses à ses questions à l'issue du combat contre Ryogi...
La fin annoncée approche. Chacun des membres du SEES doit décider quoi faire des jours qui lui restent à vivre avant l'apocalypse. Aigis continue à s'interroger : quel est le but de son existence, si elle ne peut protéger le groupe des Shadows ? Et que peut-elle faire face à Ryoji ? Soit nos héros le tuent, et ils redeviendront des lycéens ordinaires, car leurs souvenirs du Tartarus, de l'heure des ombres et de leurs batailles s'effaceraient ; soit ils lui laissent la vie sauve, mais ils devront affronter Nyx ! Qu'ils soient prêts ou non, le temps n'attend personne…
Un miracle vient convaincre définitivement nos héros qu'il y a encore de l'espoir et que leur combat a un sens. Leurs souvenirs disparaîtront en même temps que l'heure des ombres. Ceux de leur vie de combattants, mais aussi ceux qui les lient aux êtres qui leur sont chers. Toutefois, ils n'ont pas l'intention de céder à l'oubli. Ils en font la promesse ! Chacun est libre d'accepter ou de s'opposer au dénouement qui se prépare.
C'est bientôt la fin : Ryoji n'est plus. Le voilà devenu Nyx, le prophète de l'apocalypse. La bataille fait rage entre ceux qui veulent l'affrontement et ceux qui s'y opposent. Le chapitre Strega arrive enfin à son dénouement... Nos héros n'ont pas d'autre choix que de faire face à leurs propres démons et à la mort, découvrant enfin le véritable sens de la vie !
L'aura de Nyx, le prophète de l'apocalypse, est en train de brouiller la frontière qui sépare la réalité de l'heure des ombres ! La fin du monde est imminente... Seul les membres du S.E.E.S. ont la capacité de mettre un terme aux agissements de Nyx et empêcher que tout disparaisse !