1805, durant les guerres napoléoniennes, la HMS Surprise, commandée par le Capitaine Jack Aubrey se lance à la poursuite du vaisseau français Acheron à travers l'océan Pacifique (affrontant notamment le cap Horn). Ils croisent par ailleurs au large des îles Galápagos, dont la faune et la flore vont beaucoup intéresser le chirurgien Stephen Maturin, naturaliste passionné et précurseur de Charles Darwin. Mais les événements vont changer les plans du capitaine.