À New York, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo forment une famille de tortues mutantes entraînées par Splinter. Entre le clan Foot, les expériences de Stockgen et les ambitions de Krang, leur combat révèle des liens avec un passé ancien et une guerre qui dépasse les rues de la ville. Cette continuité IDW réinvente leurs origines tout en développant leurs alliés et adversaires.