Shredder en a assez de Fishface, Rahzar, Bebop et Rocksteady et décide qu'il ne gardera dans son équipe que le binôme qui lui apportera les Tortues Ninja sur un plateau. Les deux autres auront un destin beaucoup moins agréable… C'est donc une compétition sans limites qui s'engage entre les « hommes » de main, et tous les moyens sont bons pour capturer les Tortues !