Rejetés par la société, les mutants sont contraints de vivre dans la clandestinité. L'un d'entre eux, le professeur Charles Xavier, crée un institut pour mutants leur permettant ainsi de vivre une vie normale tout en développant leurs pouvoirs. L'idéal du Professeur Xavier se heurte à l'opposition farouche de la population et à des groupes extrémistes non dotés du facteur X, mais également à d'autres super mutants qui méprisent le dialogue et la condition humaine. Le combat pour la protection de l'humanité commence…