Link, à la recherche de Navy, sa fée dont il a été séparé lors de son dernier combat contre Ganondorf, croise le chemin d'un curieux personnage masqué nommé Skullkid. Ce dernier, sous l'emprise des pouvoirs de son masque risque de provoquer la destruction du monde. Link parviendra-t-il à stopper ce fléau ?