Rintaro Okabe est un étudiant à l'imagination débridée. Savant fou autoproclamé, il passe ses journées avec deux de ses amis à inventer des objets farfelus dans son Laboratoire des Gadgets Futuristes. Lorsqu'ils branchent un téléphone portable sur un micro-ondes, ils découvrent avec stupeur qu'ils ont la possibilité d'envoyer des messages dans le passé ! Ce grand pouvoir implique une responsabilité colossale, mais qui peut prédire ce qu'en feront ces trois otaku ?