Suite à un malheureux incident, Akira Kurusu est forcé de changer de lycée et de déménager à Tokyo. Dégouté par l'hypocrisie et la perversion des adultes, lui et quelques camarades rebelles vont former la bande des Voleurs Fantômes afin de réformer la société. Dans le monde surnaturel des Palaces, ils peuvent compter sur la puissance de leur Persona pour combattre les Shadows et ainsi purger le cœur corrompu des habitants…