Peu de temps après son transfert dans une nouvelle école, le jeune Minato est attaqué par des entités démoniaques appelées Shadows. Une poignée de camarades l'aideront à éradiquer ces monstres qui n'apparaissent que pendant la 25e heure de la journée, en invoquant leur Persona, une entité possédant de grands pouvoirs magiques.