Naruto et Sasuke poursuivent leur duel titanesque face à l'insaisissable Madara Uchiha mais contre toute attente, ce dernier est trahi par Zetsu qui s'empresse de révéler à nos héros que la grande prêtresse Kaguya (la mère du Rikudou sennin) est sur le point de revenir à la vie. À l'instar Obito, Madara n'était donc qu'un vulgaire pion sur l'échiquier de Zetsu qui attendait paisiblement le moment opportun pour ressusciter Kaguya. Cette dernière d'ailleurs est bel et bien décidée à supprimer toutes celles et ceux qui ont emprunté du chakra à l'arbre divin. Naruto, Sasuke, Sakura, Obito et Kakashi pourront-ils faire face à cette nouvelle menace ?