Pain et Konan, membres d'Akatsuki, se lancent sur la piste de Jiraya qui s'est infiltré dans le village caché de la Pluie ! On apprend alors que le mystérieux Pain est en fait une vieille connaissance de Jiraya ! Mais quel est donc le lien qui le rattache au vieux ninja de Konoha ? Et de quels effroyables pouvoirs ce dieu autoproclamé est-il doté ?