Après qu’un mystérieux phénomène a pétrifié presque toute l’humanité pendant plusieurs millénaires, Senku Ishigami se réveille dans un monde où la civilisation a disparu et où la nature a repris ses droits. Passionné de science, il décide de reconstruire progressivement la société humaine en recréant inventions, médicaments, outils et technologies à partir de ressources naturelles. Rejoint par plusieurs survivants aux talents complémentaires, Senku affronte les difficultés d’un monde redevenu primitif, mais aussi ceux qui défendent une autre vision de l’avenir. Son objectif est clair : faire renaître la civilisation grâce au pouvoir de la science.