En 1994, alors que les Autobots viennent d'arriver, Optimus Prime s'acclimate à la Terre. Une archéologue et un ancien militaire vont découvrir les traces d'une guerre entre deux anciennes factions de Transformers, les Maximals et les Predacons. Optimus Prime devra faire face à de nouveaux ennemis, les Predacons et leur redoutable chef Scourge. Les Autobots et les Maximals feront face à une menace encore plus grande : Unicron, une planète métallique géante qui s'apprête à dévorer la Terre.