The Fountain raconte le combat à travers les âges d'un homme pour sauver la femme qu'il aime. Espagne, XVIe siècle. Le conquistador Tomas part en quête de la légendaire Fontaine de jouvence, censée offrir l'immortalité. Aujourd'hui. Un scientifique nommé Tommy Creo cherche désespérément le traitement capable de guérir le cancer qui ronge son épouse, Izzi. Au XXVIe siècle, Tom, un astronaute, voyage à travers l'espace et prend peu à peu conscience des mystères qui le hantent depuis un millénaire. Les trois histoires convergent vers une seule et même vérité, quand les Thomas des trois époques - le guerrier, le scientifique et l'explorateur - parviennent enfin à trouver la paix face à la vie, l'amour, la mort et la renaissance.