Joe Colton et Roadblock rejoignent l'équipe d'élite des G.I. Joe pour affronter ensemble leur ennemi mortel : Cobra, une mystérieuse organisation terroriste. Mais le danger est partout. Les agents doivent également faire face à des menaces venant de l’intérieur du gouvernement, et qui mettent en péril leurs existences-mêmes. Les G.I. Joe arriveront-ils à déjouer le complot de leurs ennemis qui sont prêts à tout pour prendre le pouvoir sur le monde entier, y compris décimer Londres ?