Échoués sur une île étrange alors qu'ils faisaient route vers un site de fouilles en Amérique du Sud, Hellboy et le professeur Bruttenholm sont confrontés à des monstres sur terre, sur mer et dans les airs ! Ils sont sauvés par un inconnu, mais ils ne sont pas en sécurité pour autant ! Un ancien mal que l'île protège est sur le point de se réveiller...