Le clan Hamato n'est plus et les Foot règnent sur un New York post-apocalyptique ravagé par les guerres civiles... mais le dernier survivant de la fratrie des Tortues rôde dans l'ombre. Hantée par les fantômes des tragédies passées, la mystérieuse Tortue se lance dans une mission désespérée pour venger l'honneur de sa famille disparue.