Dans un futur sombre où New York est tombée sous le contrôle du clan Foot, un seul des quatre frères Tortues Ninja est encore en vie. Désormais plus âgé, solitaire et profondément marqué par la disparition de sa famille, il revient dans la ville avec un objectif précis : mettre fin au règne de ceux qui ont détruit tout ce qu’il aimait. Armé des techniques et des armes de ses frères disparus, le dernier Ronin entreprend une mission de vengeance qui le confronte à son passé, à ses échecs et aux derniers alliés encore capables de résister au pouvoir en place.