Le Jedi Quinlan Vos a perdu la mémoire. Il doit se mettre en quête de son passe, mais aussi retrouver la trace de sa padawan, Aayla Secura, qui a mystérieusement disparu. Avec pour seuls allies son sabre laser et un ruse Devaronien, le Chevalier amnésique va affronter des joueurs dangereux, de faux Jedi, des agents corrompus... et surtout l'influence grandissante en lui du Cote Obscur de la Force.