L’histoire se déroule lorsque l’Homme Masqué (Tobi) enferme Naruto et Sakura dans un monde parallèle où leur vie est totalement différente. Son objectif : Mettre la main sur Kyuubi. Les retrouvailles avec ses parents est la chose la plus précieuse que Naruto désirait, même si ce n’était qu’un rêve. Maintenant il est enfin prêt pour arrêter l’Homme Masqué et son plan de l’Oeil de la Lune !