1. DI: Redémarrage
Les membres de la section 9 doivent faire face à une prise d'otages dans l'ambassade chinoise. Ils doivent neutraliser les terroristes sans faire la moindre victime côté otage, condition à la réhabilitation de la section 9.
Ghost in the Shell: Stand Alone Complex
Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG
2. DI : Croisière de nuit
Gino, ancien militaire, transporte des personnalités dans un hélicoptère. Il rêve de changer le monde en tuant les personnes qu'il croit compromises.
3. DI : Œil liquide
La section 9 simule une tentative de cambriolage pour s'infiltrer chez Mr Todokoro et récupérer des documents compromettants dans son coffre-fort.
4. DU : Ennemi naturel
Lors d'un exercice d'entraînement militaire, un pilote d'hélicoptère décède d'une crise cardiaque. Cependant, l'IA de soutien prend le contrôle de l'appareil et refuse d'obéir aux ordres de retour du commandement.
5. IN : Inductance
Le premier ministre ayant reçu des menaces de mort, la section 9 se retrouve chargée de sa protection.
6. DI : Excavation
Le corps d'un individu ayant menacé le gouvernement est retrouvé détruit. Togusa est chargé de l'enquête qui va le conduire à Tokyo.
7. DU : Pu-239
La section 9 est chargée de transporter du Plutonium à travers un centre de réfugiés. Gōda les accompagne.
8. DI : Fausse nourriture
Pendant que Ishikawa enquête sur Gōda, le reste de l'équipe est sur la piste d'un suspect dans l'affaire des 11 individuels.
9. DU : Ambivalence
Alors que des attentats-suicides se succèdent, le major infiltre un super ordinateur gouvernemental pour enquêter sur Gōda.
10. DI : Procès
En rentrant chez lui, Togusa tente de porter secours à une jeune femme en vain. Il parvient néanmoins à neutraliser le tireur ce qui va lui porter préjudice lors du procès immédiat.
11. IN : Affection
Lors de tests de recrutements pour la section 9, le major Kusanagi se retrouve dans un univers rempli des souvenirs de différentes personnes.
12. IN : Sélection
Ishikawa et Borma fouillent la mémoire de Kawashima à la recherche de pistes sur les onze individuels alors que Kusanagi part à la poursuite de Kuze qui a tenté d'assassiner le premier ministre et qui vient d'être localisé.
13. DI : Composer
Alors que la section 9 suit la piste d'un artisan du visage, quelqu'un se faisant passer pour Paz commet des meurtres.
14. DI : Visage impassible
Au cours d'une partie de poker, Saito raconte une histoire sur ce que serait son passé, bluff ou réalité ?
15. DI : Coup
Les Tachikomas débattent sur l'affaire des onze individuels ainsi que sur leur "ghost".
16. IN : Autre chance
Le premier ministre a convoqué Aramaki au sujet de la menace d'une révolte des réfugiés à Dejima. À la section 9, Ishikawa revient d'un voyage en Corée et fait son rapport sur son enquête sur Kuze.
17. DI : Donnée rouge
Motoko Kusanagi se rend à Taïwan pour enquêter sur Hideo Kuze où elle rencontre un jeune réfugié ayant côtoyé Kuze. Elle va devoir le sortir d'affaire.
18. DI : Trans parent
Motoko et Batō tentent d'intercepter un terroriste international, poseur de bombe, à Berlin. Batō y rencontre une jeune infirme qui l'intrigue.
19. IN : Réaction en chaîne
Alors que les réfugiés asiatiques de Dejima déclarent leur indépendance, la section 9 se rend sur l'île pour tenter de capturer Kuze qui devrait s'y trouver.
20. IN : Inventez le brouillard
Kuze va acheter du Plutonium à un mafieux russe pour faire de Dejima une puissance nucléaire. La section 9 se rend sur l'île d'Etorofu où doit avoir lieu la transaction.
21. IN : Embarras
Kuze a réussi à échapper à la section 9 et prend la direction de Dejima.
22. DU : Processus d'inversion
Une bombe nucléaire a été trouvée à Fukuoka, plus de 30 millions de personnes ont été évacuées depuis cinq jours pendant que des démineurs inspectent l'engin.
23. IN : Loi martiale
La section 9 se dirige vers Spring 8 pour y amener le Plutonium. Pendant ce temps, la loi martiale est décrétée et l'armée se déploie autour de l'île de Dejima. Le major décide de changer de plan et d'amener une partie du Plutonium sur Dejima.
24. IN : Puissance nucléaire
Le premier ministre est démis de ses fonctions pour avoir fait appel à l'ONU. Kusanagi et le reste de la section 9 sont séparés à leur arrivée sur Dejima.