L’histoire débute lorsque l’armée de Britannia cherche à envahir l’Europe. Sur le bord de la défaite, l’armée de l’UE constitue une division spéciale sous le nom de W-Zero, dont le mystérieux pilote, Akito Hyuuga, est membre. À la tête de cette unité, Leila Malkal, une aristocrate originaire de Britannia qui s’est engagée dans l’armée. Suite à une mission qui a coûté la vie à 99 % de l’unité W-Zero, Leila doit maintenant recruter de nouveaux soldats pour affronter les partisans de l’Empire Britannia…