Lors de la précédente expédition, Milo Thatch et ses amis ont trouvé l'Atlantide et ont sauvé le mystérieux royaume. Mais, Milo, Kida et leur équipe doivent remonter à la surface pour résoudre d'étranges mystères. Des déserts poussiéreux du sud-ouest aux sommets glacés des montagnes du nord, Kida découvre le pouvoir des cristaux enchantés de sa cité.