Rokuro Okajima, modeste salarié de l'entreprise Asahi, se retrouve embarqué de force sur le Black Lagoon, un vieux torpilleur servant de repaire à une bande de pirates qui écume les mers de l'Asie du Sud-Est. Il va alors se retrouver propulsé dans un monde d'aventures dont il ne soupçonnait pas l'existence.