L'honneur du clan Hamato a été restauré : Shredder n'est plus... mais le combat ne fait que commencer. Entre luttes de pouvoir et désir de vengeance, le clan Foot sème le chaos et la destruction. Tandis que la grande famille des Tortues se déchire, une guerre sans précédent s'abat sur New York, et les fils de Splinter vont devoir affronter seuls les conséquences de leurs actes.