1. Le crime ne paie pas
En se dirigeant vers Nouvelle-Écorce, Sacha et ses amis sont perdus dans une forêt. Il remarque alors un étrange Pokémon ressemblant au Pokémon légendaire Suicune.
Pokémon
Voyage à Johto
La Ligue Orange offre un nouveau défi à Sacha, qui répond à l'appel pour affronter l'équipe Orange et son Champion, Didier. De retour à Bourg Palette, Sacha et Ondine retrouvent Pierre et se lancent dans la prochaine étape de leurs aventures Pokémon : la région de Johto ! Bien qu'il ait une mission à remplir pour le Professeur Chen, Sacha se lance tête baissée dans la Ligue Johto pour y affronter deux Champions et ajouter des Pokémon comme Kaiminus et Germignon à son équipe.
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2. Leçon de base-ball
Sacha et ses amis rencontrent une jeune fille, fan de baseball, accompagnée par un Germignon.
3. Une fin juteuse
Des Scarinos et Scarabutes s'affrontent, causant le dépérissement de la forêt, nos amis doivent trouver la raison de cette dispute (causée par nul autre que la Team Rocket) et alors rétablir la paix.
4. Un gisement très convoité
Sacha décide de capturer un Donphan. Mais, alors qu'il allait le faire, une jeune fille intervint pour l'en empêcher. Entre temps, la Team Rocket réussit à s'en emparer et veut s'en servir pour chercher de l'ambre colorée.
5. Des illusions et des confusions
Perdus dans une forêt fantôme, nos héros apprennent de Régis que, pour en sortir, il faut un Hoothoot. C'est alors qu'ils tombent sur une vieille dame qui en loue, mais il ne lui en reste qu'un, et celui-ci n'est pas très obéissant.
6. Le pouvoir des fleurs
Pendant leurs voyages, le trio rencontre un duo de Joliflor dont la dresseuse leur fait faire des spectacles.
7. Les filets de la justice
Nos amis arrivent dans une ville où l'agent Jenny utilise des Mimigal pour arrêter les criminels. (Dont la Team Rocket).
8. L'argent ne fait pas le bonheur
Nos trois amis font la rencontre d'une femme, qui donne trop d'attention à son Snubbull. Le pauvre Pokémon tente de s'enfuir.
9. Le tout petit des grands bois
Nos héros tombent sur un Cerfrousse seul et semblant égaré. Mais, lorsque Pierre veut l'approcher, ce dernier envoie d'autre Cerfrousse à leur charge. En fait, c'est une illusion que le jeune Pokémon utilise pour éloigner ceux qui l'approche de trop près. Il s'avère qu'il est blessé, alors Pierre bat l'illusion, et le soigne.
10. Une nouvelle amitié
Sacha tente de capturer un Germignon. Par la suite, il emmène le Germignon au Centre Pokémon, car il est extrêmement blessé. Entre temps, la Team Rocket veut s'en emparer.
11. Rituel annuel
Alors qu'ils se reposent près de la rivière, nos héros aperçoivent un Maraiste, qui tente de voler la GS ball. Ondine veut le capturer, mais le combat est interrompu par l'agent Jenny expliquant que c'est interdit. Plus tard, le Maraiste finit par réussir à prendre la GS ball.
12. Le coup de sifflet
Nos amis demandent l'aide d'une fille pour traverser le pont grâce à ses Coxy. Une fois fait, elle leur dit qu'ils servent à polliniser le verger. Plus tard, la Team Rocket tente de s'emparer des Coxy.
13. Une amitié indestructible
Très affamés, nos amis décident de faire une halte dans un centre Pokémon. C'est alors qu'un Leuphorie un peu trop serviable s'occupe d'eux, mais ne cesse d'accumuler les gaffes. Entre temps, alors que nos héros dorment, la Team Rocket tente de voler toutes les caisses de nourriture du centre Pokémon. On apprend que Leuphorie est en réalité un ami de Jessie, et aide la Team Rocket à dérober les caisses. C'est alors que l'infirmière Joëlle, Sacha, Ondine et Pierre viennent aider Leuphorie pour récupérer les caisses de nourriture et, grâce à la colère de Sacha, ils réussissent à récupérer les caisses et se régalent.
14. Une jeune pousse à la rescousse
Nos amis passent devant une école où l'institutrice souhaite qu'ils libèrent leurs Pokémon pour divertir les élèves. L'un d'eux décide de capturer Pikachu à tout prix. Il s'empare d'une des Poké-ball de Sacha, se lance à sa poursuite et finit par le capturer, du moins, c'est ce qu'il croit. En réalité, il a capturé un Chetiflor. Mais il ne veut rien savoir de ce Pokémon, qui n'a aucune valeur à ses yeux. Alors qu'il se dispute avec Sacha pour savoir qui va garder Pikachu, la Team Rocket fait des ravages à la tour Chétiflor. C'est en les battant qu'il découvre que son Chetiflor est utile.
15. L'air contre le feu
Sacha gagne son premier badge de Johto, le badge Zéphir, contre Albert (Type Vol).
16. Mélodrame à chaudes larmes
Ondine tente de capturer un Marill, mais loin de se laisser capturer, ce dernier se met à pleurer à en fendre l'âme (ou les tympans x_x). Puis il s'enfuit, Ondine à ses trousses, laissant les autres derrière elle.
17. Destruction en tout genre
Togepi et son nouvel ami Fouinette sont au commande d'une machine conçue par la Team Rocket. Sacha et ses amis (y compris la Team Rocket) tente le tout pour le tout pour arrêter la machine avant qu'elle ne détruise une ville se trouvant sur sa route.
18. La séparation
Sacha entraîne son Dracaufeu en espérant le mettre au niveau de ceux de la vallée dracorifique, sous la direction de Lise, ce qui n'est pas facile. Par la suite, il décide de le laisser seul là-bas pour qu'il s'entraîne.
19. Sourira bien qui sourira le dernier
Sacha, Pierre et Ondine rencontrent une femme désirant participer à un concours d'Heliatronc. Malheureusement, il y en a un, qui semble triste. Nos héros vont donc essayer de savoir pourquoi.
20. Le Pokémon blues
Lors d'un match, Germignon refuse de se faire remplacer par Pikachu alors qu'il est en difficulté. Après son match, Sacha se rend au Centre Pokémon où il apprend que son Germignon est jaloux. Pendant la nuit, ce dernier se sauve.
21. Vivre de l'air du temps
Sacha et ses compagnons rencontre Maria, une femme prédisant la météo grâce à ses Granivol. Parmi eux, se trouve un Mystherbe qui rêve de pouvoir un jour faire comme eux.
22. Un super héros super secret
Nos amis arrivent dans une ville où un héros appelé Super-Scorplane veille sur les habitants. Mais le véritable métier du héros n'est autre que simple boutiquier.
23. De l'électricité dans l'air
Nos héros atteignent une ferme, où une femme stricte élève des Wattouat avec sa fille.
24. Engagé pour combattre
Nos héros doivent prouver à l'étudiant d'un Dojo que les combats ne sont pas de simple données informatiques que l'on peut prévoir.