Naruto
Naruto revient de son voyage d'entraînement, impatient de voir son ami Sasuke. Mais Sasuke n'a qu'une seule chose en tête : sa quête de vengeance contre son frère aîné. Sa soif inextinguible de pouvoir ne connaît aucune limite, et il est bientôt attiré hors du Village de la Feuille par les sbires d'Orochimaru, les Quatre du Son. Déterminés à le récupérer, Shikamaru et Naruto forment une équipe composée des meilleurs genins du village pour le retrouver, et la chasse commence !
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Sasuke affronte Naruto, qui de son côté ne se bat pas sérieusement. Pendant l'affrontement, le jeune Uchiwa se remémore son enfance passée aux côtés de son frère Itachi envers qui il était plein d'admiration. Cependant, Sasuke était quand même jaloux que son père s'intéresse plus à Itachi qu'à lui-même. Il voit Itachi devenir de plus en plus distant avec le reste de son clan.
Sasuke décide de battre Naruto rapidement en activant son Sharingan ; il replonge une nouvelle fois dans ses souvenirs d'enfance, à l’époque où il déployait de nombreux efforts pour prouver sa valeur à son père.
Suite des souvenirs d’enfance de Sasuke. Le jeune garçon découvre que son frère possède une autre version du Sharingan, le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan ». Pour l’obtenir, il faut tuer son meilleur ami. De retour au présent, Sasuke annonce à Naruto qu'il est son meilleur ami et que c'est pour ça qu'il cherche à l'éliminer.
À Konoha, Kakashi apprend que Sasuke a quitté le village. Il part tout de suite à la recherche de Sasuke et Naruto qui ont véritablement commencé leur combat. Sasuke est bien décidé à en finir avec Naruto.
La bataille entre Naruto et Sasuke fait rage, les deux amis découvrent que ce sont leurs liens qui les rendent plus fort. Sasuke fait évoluer la forme de son sharingan et veut trancher ces liens qui le lient à Naruto. Mais ce dernier ne le laisse pas faire et se transforme, sous l'emprise de Kyûbi.
Sasuke utilise son sceau maléfique pour augmenter sa puissance. Le dénouement est tout proche et Naruto et Sasuke tentent le tout pour le tout. Sasuke laisse la vie sauve à son équipier et part en direction du village d'Oto.
Pendant que Kakashi ramène Naruto au village, Shikamaru est inquiet pour Kiba et Akamaru, Chôji et Neji qui se font soigner. la vie d Kiba n'est pas menacée, malgré une blessure grave, mais Neji et Chôji se trouve en situation critique. Shikamaru a échoué dans sa mission et s'en inquiète. Sasuke a rejoint Orochimaru après son combat contre Naruto et ce dernier essaye de se faire pardonner auprès de Sakura en lui promettant de ramener leur ex-compagnon. Jiraya informe Naruto des plans de l'Akatsuki vis-à-vis de lui qui aboutiront dans 3 ans et lui demande d'oublier Sasuke. De nature entêtée, Naruto refuse et déclare qu'il veut toujours sauver Sasuke des griffes d'Orochimaru quoi qu'il puisse arriver.
Sakura ne peut se résoudre au départ de Sasuke et décide de partir à sa recherche. Naruto qui a deviné ses pensées veut l’accompagner. L’ermite réussit à obtenir de Tsunade une mission lui permettant d’accompagner les deux amis au pays du riz afin d’y collecter des informations sur le village caché du Son où se trouverait Orochimaru.
L’Ermite part de son côté collecter des informations et profiter des avantages d’une ville. Il y rencontre des « voyous » autrefois respectables et appartenant au clan des Fûma. De leur côte Sakura et Naruto font la connaissance de Sasame Fûma, faisant également partie du clan des Fûma.
L’Ermite a rejoint Naruto, Sakura et Sasame, cette dernière connaît le chemin qui mène au village caché du Son. Son cousin a suivi Orochimaru qui lui a fait croire qu’il pouvait redonner la gloire au clan des Fûma. Sasame veut le ramener au village même si pour cela elle doit trahir ses nouveaux amis.
Les intentions de Sasame n’étaient pas mauvaises, elle souhaitait seulement sauver son cousin des griffes d’Orochimaru. L’Ermite et ses deux acolytes l’ont bien compris. Elle les mène à l’entrée de l’antre d’Orochimaru et Naruto lui promet de ramener son cousin. Pourra-t-il tenir promesse ? Le palais d’Orochimaru est parsemé de pièges.
Naruto est tombé dans un piège. Sakura se retrouve seule face à Kabuto qui lui apprend que Sasuke a succombé à la suite des effets de la marque maudite. Sasame désobéit et rentre dans la demeure d’Orochimaru, ce qui lui permet de libérer Naruto qui à son tour va porter secours à Sakura. Naruto se retrouve aux prises avec un bien étrange Kabuto, qui en réalité est un membre du clan Fûma ayant revêtu l’apparence de Kabuto.
Sasame retrouve son cousin Arashi, mais ce dernier, sous l’emprise d’Orochimaru s’est transformé en monstre. Sakura est prête donner sa vie pour sauver ses amis, Naruto l’en empêche et vainc Arashi qui se repent avant de disparaître et leur apprend que Sasuke est en vie. Orochimaru le garde pour prendre possession de son corps dans trois ans. L’Ermite qui a combattu de son côté retrouve son équipe. Sakura qui veut trouver sa voie demande à Tsunade de devenir sa disciple.
Alors que tout semble reprendre son cours normal dans le village de Konoha, Tsunade découvre une ordonnance égarée dans ses dossiers. Le vol du rouleau interdit perpétré par Mizuki un an auparavant pourrait bien être commandité par Orochimaru. Tsunade envoie Asuma et Kurenai interroger Mizuki en prison, lorsqu’ils arrivent, les prisonniers sont en liberté…
Shizune qui vient porter renfort à Asuma et Kurenai se fait piéger à son tour par Mizuki accompagné des frères Fûjin et Raïjin. Heureusement TonTon, son goret, s’échappe pour prévenir Tsunade de la situation. Cette dernière dépêche une équipe composée de Iruka Sensei, Naruto, Tonton et Pakkun pour porter secours à Shizune et son équipe.
Naruto doit affronter les deux colosses Fûjin et Raïjin à la force surhumaine. De son côté, Iruka se bat avec Mizuki. Iruka fait appel au souvenir de leur ancienne amitié pour raisonner Mizuki, mais ce dernier qui a toujours été jaloux de l’affection que portait le 3ème Hokage à Iruka compte bien en finir avec lui. La situation semble compromise lorqu’arrivent Ino, Shikamaru et Chôji.
Ino, Shikamaru et Chôji vont combattre les frères Fûjin et Raïjin pendant que Naruto va porter secours à Iruka. Mizuki ne fait pas de cadeau à Iruka, il lui en veut toujours de sa réussite à Konoha alors que lui n’a jamais réussi à se faire accepter.
Mizuki a pris la fuite et cambriole un laboratoire afin de se procurer les composants nécessaires à une potion. Sa relation avec Orochimaru ne fait plus aucun doute. Tsubaki, la fiancée de Mizuki a rejoint Naruto, Iruka et Pakkun et va les aider à retrouver le fugitif, mais lorsqu’ils vont le retrouver il est trop tard, Mizuki a ingurgité la potion prescrite par Orochimaru.
Tsunade vient prendre la relève auprès de la formation Ino, Shikamaru et Chôji qui étaient toujours aux prises avec les frères Fûjin et Raïjin. Naruto se bat avec Mizuki qui subit différentes transformations suite à la prise de la potion censée lui donner du pouvoir. Mais Orochimaru s’est joué de lui et la potion détruit ses cellules, Naruto aura raison de lui avec son Rasengan.
Naruto est toujours aussi déterminé à récupérer Sasuke. Hinata, Shino et Kiba veulent l'aider à le retrouver. Les 4 amis partent alors à la recherche des insectes flaireurs, destinés à retrouver la trace de Sasuke.
Shino, Kiba, Naruto et Hinata arrivent à destination. Ils se mettent donc à la recherche des insectes flaireurs. Pendant leur recherche, Shino, Hinata et Kiba repèrent des personnes eux aussi à la recherche de ces insectes. Ils decident alors de ne rien dire à Naruto.
L'heure de l'échange arrive, alors que Shino, Kiba et Naruto se rendent sur place, ils ont alors à faire à des clones en cire d'abeille et se mettent donc à la recherche d'Hinata, par un autre marché.
Suzume bachi coince Naruto, Kiba et Shino dans le repère des Kamizuru. Shino n'a alors d'autre choix que d'énerver la reine. Hinata tente de se débattre mais la prison de cire qui la retient prisonnière tombe dans les chutes ! Shino propose un marché aux Kamizuru : en échange d'Hinata, ils récupèreront l'insecte flaireur. Ils découvrent avec surprise que Hinata a disparu ! Naruto va se faire achever quand Hinata arrive ! Celle-ci se débarrasse sans difficulté des ninjas ennemis grâce au 64 poings du Hakke protecteur qui tranchent les abeilles et la reine. Mais Suzumebachi revient avec la reine que Naruto neutralise grâce au Rasengan. La mission se terminera par un échec à cause d'un pet émis par Naruto.
Nos héros doivent aider des mineurs opprimés par une famille. Leur chef est Raïga, l'un des sept ninjas renégats, ce qui serait une piste pour retrouver Sasuke car en fait, Raïga permettrait de trouver Kisame afin de trouver Itachi puis trouver Sasuke, mais cette piste est nulle pour 2 raisons car Sasuke à ce moment-là sait qu'il est trop faible pour défier Itachi et Raïga déteste les sept ninjas renégats.