Mobile Suit Gundam SEED
Ère cosmique 70. La tragédie de la St-Valentin sanglante transforme les tensions qui existent entre la Terre et les PLANT en une guerre totale. Alors que tous prévoyaient une victoire de l’Alliance Terrienne, numériquement supérieure, les faits allaient démontrer le contraire. Onze mois ont passé depuis que le conflit s’est enlisé dans le statu quo. Kira, un jeune Coordinateur, vit et étudie avec ses amis Naturels sur Héliopolis. Leur quotidien sera chamboulé lorsque ZAFT attaquera la colonie censée être neutre…
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A peine Kira a-t-il été récupéré par ses camarades que les quatre Gundams de ZAFT se lancent à nouveau à l'attaque de l'Archangel. Et cette fois, ils semblent bien avoir l'avantage face à Kira et à Mu. C'est alors que le combat est interrompu par l'arrivée de la flotte de la nation neutre d'Orb.
Depuis que la colonie spatiale d'Héliopolis, située dans le pays neutre d'Ort, a été attaquée, le jeune Kira Yamato, à bord du Strike Gundam, a entamé une fuite désespérée aux côtés du Archangel. Pour échapper à la poursuite implacable de l'armée ZAFT, Kira retrouve à plusieurs reprises son ancien ami, Athrun, sur le champ de bataille. Les deux, pris dans une situation inextricable, sont tourmentés intérieurement, subissant d'innombrables tourments. Les souvenirs défilent comme un film, jusqu'à ce qu'ils arrivent au présent, se préparant à affronter un avenir incertain.
L'Archangel s'est réfugié à Orb et va pouvoir être réparé. En contrepartie, Kira accepte d'aider les techniciens de Morgenroete à configurer un tout nouveau système d'exploitation qui permettra aux Naturels de piloter les Mobile Suits développés par Orb. Pendant ce temps, Asran et ses compagnons sont arrivés sur Onogoro.
Alors qu'Asran et les autres pilotes de Gundam sont toujours à la recherche de l'Archangel, Miriallia, Sai, Kazui et Tolle apprennent qu'ils vont pouvoir recevoir la visite de leurs parents. Kira, lui, en veut toujours aux siens d'avoir fait de lui un Coordinateur et il refuse de les voir. Il décide également de mettre fin à sa relation avec Flay.
A peine l'Archangel a-t-il quitté les eaux territoriales d'Orb pour se rendre en Alaska qu'il se retrouve attaqué par les quatre Gundam de ZAFT. Mais cette fois, Kira et La Fraga sont prêts à les affronter et ils disposent d'un nouvel allié en la personne de Tolle, qui s'est porté volontaire pour piloter le deuxième SkyGrasper.
Complètement dévasté par ce qu'il vient de faire, Kira se renferme de plus en plus sur lui-même et mêmes les paroles apaisantes de La Fraga ne semblent pouvoir le consoler. Asran, lui, est décidé d'en finir une bonne fois pour toutes avec Kira et il lance une nouvelle attaque sur l'Archangel.
Ayant perdu contact avec Kira et Tolle et se trouvant menacé par l'arrivée de Dinns ennemis, l'Archangel doit quitter la zone de combat, non sans que le commandant Ramius ait envoyé un message à Orb avec la dernière position connue du Strike Gundam et du Sky-Grasper. Une mission de secours est organisée, menée par Cagalli.
L'Archangel est finalement arrivé à Josh-A, la base de l'Alaska, qui renferme le QG militaire de l'Alliance. L'accueil réservé à l'équipage n'est pas des plus chaleureux. En effet, le colonel Sutherland ordonne à l'équipage de rester à bord du vaisseau et annonce de plus qu'une commission d'enquête va étudier les actions du Bipède.
La commission d'enquête annoncée se tient comme prévu et il semble d'emblée certain que le colonel Sutherland n'a qu'un but en tête: blâmer Kira, un Coordinateur, pour la destruction d'Heliopolis et la propagation du conflit, malgré les protestations de Ramius et de La Fraga. Pendant ce temps, Miriallia rend visite à Dearka dans sa cellule.
Mu La Fraga, Natale Bajirule et Flay Alstar ont été réaffectés et doivent quitter l'Archangel. Ce dernier est affecté à la flotte de défense de l'Alaska. C'est à ce moment que ZAFT lance l'Opération Spitbreak, mais la cible n'est pas celle qu'on attendait. Pourtant, malgré ce changement de plan, le haut commandement de l'Alliance semble serein.
La bataille fait rage autour de Josh-A et les victimes sont nombreuses dans les deux camps. Ayant découvert les manigances du haut commandement de l'Alliance, La Fraga retourne à bord de l'Archangel afin de prévenir le commandant Ramius. Mais le Bipède a fort à faire face aux attaques répétées du Duel Gundam.
La manœuvre de l'Alliance terrienne a décimé une bonne partie des forces de ZAFT, ce qui sème la confusion au sein des PLANTs. De plus, Asran apprend de son père que la famille Clyne est accusée de trahison. Refusant de le croire, Asran se lance sur les traces de Lacus.
L'Archangel est retourné à Orb afin d'effectuer des réparations après les dommages subis en Alaska. Pendant que Cagalli retrouve Kira, une étrange relation s'établit entre Miriallia et Dearka. Dans le même temps, ZAFT tente le tout pour le tout et décide de lancer le reste de ses forces sur la base de Panama.
Rendue furieuse par la perte de Panama, l'Alliance a lancé un ultimatum à Orb : soit la nation neutre rejoint l'Alliance, soit elle se verra traitée en ennemie et envahie. Le président Athha refusant de céder, l'équipage de l'Archangel décide de combattre aux côtés des forces d'Orb, tout comme Kira.
Le combat fait rage entre les forces de l'Alliance et celles d'Orb. Les nouveaux Mobile Suits de l'Alliance se montrent redoutables mais deux nouveaux combattants entrent dans la danse: il s'agit d'Asran, aux commandes du Justice Gundam, et de Dearka, qui est parvenu à récupérer le Buster.
Après un bref répit, l'Alliance lance une nouvelle attaque sans même avoir écouté les demandes de dialogue d'Orb. Kira se retrouve rapidement débordé par le Forbidden, le Raider et le Calamity, mais il reçoit un soutien inattendu. De son côté, comprenant qu'Orb ne tiendra pas longtemps, le président Athha ordonne le repli.
Alors que le Kusanagi est enfin opérationnel, Kira et Asran tentent de consoler une Cagalli minée par le chagrin et encore sous le choc des révélations que lui a faites son père. Pressé par Mu, Asran confirme son intention de combattre aux côtés de Kira et de ses amis. Pendant ce temps, sur les PLANT, Lacus continue d'organiser la résistance.
Alors que le Kusanagi et l'Archangel se dirigent vers la colonie spatiale abandonnée Mendel, Asran décide de se rendre sur les PLANT afin de confronter son père. Les retrouvailles entre le nouveau président et son fils sont pour le moins houleuses.
Les forces de l'Alliance terrestre se regroupent sur la base de la Lune et s'apprêtent à lancer une offensive massive sur les PLANT. A cet effet, le nouveau commandant du Dominion entraîne son équipage aux situations de combat. C'est alors que le Dominion se voit confier la mission de traquer et de détruire l'Archangel, avec l'aide du Forbidden, du Calamity et du Raider.
Le combat fait rage entre Asran et Kira d'une part et les trois MS de l'Alliance de l'autre. De son côté, l'Archangel a fort à faire face à un adversaire qui le connait bien. Au milieu de la bataille, La Fraga sent la présence proche de Le Creuset et il décide d'aller explorer les environs, suivi de Dearka. Enfin libéré de ses entraves, le Kusanagi entre dans la danse.
Ayant entraîné La Fraga et Kira au sein des installations abandonnées de Mendel, Le Creuset leur dévoile le terrible secret qu'elles renferment, un secret qui les concerne tous les deux. Pendant ce temps, le Kusanagi et l'Archangel effectuent des réparations de fortune, alors qu'une nouvelle menace se profile.
Le combat fait rage entre l'Archangel et les rebelles d'un côté, et le Dominion et les forces de l'Alliance de l'autre. C'est le moment que choisit Le Creuset pour lancer ses forces dans la bataille. Cependant, il a pris soin avant de larguer une capsule de sauvetage renfermant Flay et des renseignements qui pourraient bien changer la donne.
Grâce aux informations fournies par Le Creuset à Flay, les forces de l'Alliance disposent maintenant d'un armement qui leur permettra de rivaliser avec les PLANT. L'armada de la base lunaire se lance à l'assaut des colonies, en commençant par le satellite de défense de Boaz. Au moment où ZAFT semble prendre le dessus, l'Alliance dévoile son atout.
Face à l'horreur déclenchée par l'Alliance, ZAFT réplique d'égale manière en utilisant Genesis, son arme ultime. Désormais, les deux parties semblent avoir dépassé le point de non-retour et leur destruction mutuelle paraît inévitable. Seul le petit groupe des rebelles semble à présent être en mesure d'empêcher l'annihilation totale de l'humanité.